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Il territorio neretino è ricco di testimonianze del passato. Per quanto riguarda il centro storico, le più antiche attestazioni risalgono all’Età del Ferro.
In epoca messapica la città doveva essere munita di una cinta di fortificazione simile a quella di Lecce, Manduria, Muro Leccese, Vaste. Faceva parte dell’antica Calabria. Probabilmente in epoca messapica la città si unì in vincolo federale con le altre città indigene per contrastare l’assoggettamento iniziato da Taranto nel VI sec. a.C. e nel 460 a.C. si alleò con Atene nella lotta contro Siracusa. Nel III sec. a.C. la città divenne alleata di Pirro e di Taranto contro Roma. Dopo la vittoria di Roma, nel 266 a.C. fu occupata dai Romani, saccheggiata e devastata.
Durante la seconda guerra punica dopo la battaglia di Canne nel 216 tentò la ribellione con altre città messapiche ma Annibale la conquistò e la rase al suolo.

Tra il 90 e l’ 88  a.C. la guerra sociale vide il Salento diviso fra città italiote e latine (fedeli a Roma) e quelle ribelli dei peucezi e messapi, poi duramente punite. Dopo la sconfitta subita da Neretum nella guerra sociale la città durante l’epoca repubblicana fu abbandonata e nel 26 a.C. fu riedificata sotto l’impero di Ottaviano Augusto con il nome di Neretum come ricorda il Perganteo . Gli imperatori Traiano ed Adriano la inclusero in un programma di ampliamento della rete viaria dell’impero, creando una via alternativa  a quella Appia cioè quella cd. Traiana Salentina che doveva collegare le città di Taranto, Manduria, Nardò, Alezio, Ugento e Veretum  (v. Tabula Peuntingeriana).
Nel III sec. d.C. sicuramente la città era già ascesa a municipium romano e aveva un emporium nauna da essa dipendente di cui rimane dubbia la ubicazione.
Caduto l’impero romano (476 d.C.) attraversò le guerre greco-gotiche (544) e nel 552-4 a Nardò si stabilì la dominazione bizantina e solo per un breve periodo che va dal 662 al 690 subì la dominazione longobarda. Nel 761, secondo la leggenda, alcuni monaci basiliani provenienti da Oriente approdarono sulla costa neretina e, accolti dalla cittadinanza, secondo la leggenda riportata dallo storico neretino Giovan Bernardino Tafuri, i monaci donarono al paese le reliquie di S. Gregorio Armeno, di S. Clemente ed un Crocifisso nero. I monaci fondarono anche l’ Abbazia di S. Maria di Nerito, la lingua greca divenne la principale e si creò un legame giurisdizionale fra la città, la chiesa greca e l’impero d’Oriente. Fu questo un periodo molto prospero e vivace culturalmente poiché fu creata una Scholae Scriptoriae e le grafie greche furono molto migliorate  e perfezionate al punto che si parlò di litterae Neretinae come di un nuovo stile di grafia ellenica. Tra il 901 e il 924 la città fu oggetto di saccheggi da parte dei Saraceni provenienti dalla Sicilia.
Durante il Medioevo continuarono a susseguirsi attacchi, assedi e devastazioni sia a fini politico-militari che per l’acquisizione di beni alimentari essendo Nardò la città più prospera di terra d’Otranto “per grano, vino, carne, pesci, legumi e tutte le altre derrate”37.
A partire dall’XI sec. numerosi privilegi e concessioni emanati dall’autorità ecclesiastica e civile trasformano l’assetto del territorio dando luogo alla formazione di gros

 si patrimoni feudali. A questo periodo risale anche la costruzione della Cattedrale voluta dal conte Goffredo il Normanno che rappresenta la riconquista della terra di Nardò con il resto del Meridione d’Italia al cattolicesimo.
Nel 1055 Roberto il Guiscardo s’impossessa di Nardò e nel 1057 diviene conte di Puglia. A partire da questa data la città di Neretum è sotto il governo di Goffredo (nipote di Roberto il Guiscardo e signore delle terre poste fra Conversano, Brindisi e Nardò).
Non sappiamo quale fosse stata la residenza dei conti normanni di Nardò, il Vetere38 ipotizza possa essere sorto nell’area oggi occupata da Palazzo del Prete .
In un transunto fatto eseguire nel  XVI sec. dall’abate Luca Pecoraro si trascrive la donazione fatta dal conte Goffredo al monastero di Nardò  nel 1092. Nel documento si legge “…Gofridus omnipotentis Dei favente Clementia inclitus comes. dominator civitatis Neritoni….”39
Della cultura normanna è solo sopravvissuta la tecnica edilizia della copertura a canne, presente, ancora oggi,  in numerose abitazioni civili e su un tratto delle vecchie mura.
Ai Normanni succedettero gli Svevi che dominarono fino al 1260.
Durante la fase sveva si assiste al restauro delle mura voluto da Manfredi nel 1256.
Unica testimonianza del periodo bizantino rimane la Cripta di S. Antonio Abate. 
Datata al XIII sec. è sita in contrada Castelli Arene a circa km. 2 da Nardò . Rappresenta una sorta di ibrido culturale : tra i 18 affreschi di fattura e carattere iconografico bizantino (Santi Cavalieri, S. Nicola, Cristo benedicente alla greca,…) viene raffigurato S. Francesco d’Assisi. 
Con la dominazione angioina, intorno al 1273 la città fu data da Carlo d’Angiò a Filippo di Tuziaco sino all’avvento della famiglia Acquaviva, investita dell’autorità ducale al tempo della dominazione aragonese40.
 

Si ipotizza che al tempo della monarchia sveva il catrum possa essere sorto sull’area oggi occupata dal palazzo padronale della famiglia Del Prete. Secondo il prof. Vetere41ancora oggi sarebbe possibile rintracciarne a livello planimetrico la struttura di antica fortezza. A convalida di tale ipotesi si fa riferimento ad un antico quartiere o pittage in cui si suddivideva il territorio denominato appunto Pittacium Castelli Veteris e alla cartografia storica del Blaeu-Mortier che colloca la Porta Castelli fra Settentrione  e Occidente, nei pressi del convento dei frati francescani.
Esiste, inoltre, nella documentazione d’archivio del convento di S. Chiara e della curia vescovile risalente al XIV e XV sec. la menzione in tale quartiere dell’Abbazia benedettina e dell’annessa chiesa abbaziale, oltre alla ecclesia Sancti Francisci.
Probabilmente, quindi, secondo una soluzione di  continuità gli Svevi avrebbero ubicato per motivi di ordine strategico- difensivo il suddetto castrum in questa area già precedentemente prescelta dai Normanni, essendo questo lato nord, nord- ovest della città più esposto agli attacchi e ad eventuali sbarchi nemici sulla costa .
In età normanna e poi sveva, quindi, si ipotizza che il primitivo nucleo di aggregazione sia stato il Pittagio Castelli Veteris con i poli del castrum e dell’abbazia benedittina.
L’unico documento esistente che menziona la città di Nardò e i feudi in cui il territorio si sarebbe articolato risale al XV sec. I feudi sarebbero 24 : feudo di Agnano, S. Andrea, Carignano, Ogliastro, Lucugnano, S. Niccolò di Cilliano, S. Niccolò d’Arneo, Puzzovivo, Pampigliano, Uggiarica, Feudonegro, Feudo spezzato, Melignano, Castrì, Plautò, Pallio, Pescaria, Flaugiano, Gegna, Persano, S. Venerdia, Cassopi, S. Barbara e S. Teodoro42.
Le tappe più significative che segnarono la crescita della città in epoca altomedioevale continuano a rimanere, tuttavia, a noi sconosciute. Notevoli sono infatti le alterazioni e sovrapposizioni avutesi nel corso dei secoli successivi e, cosa più grave, non abbiamo alcuna fonte scritta (eccetto pochi documenti  marginali).
Abbiamo invece notizia di rinvenimenti di tombe risalenti al periodo medioevale in Contrada Angelo della Roccamade, presso la Cattedrale e l’episcopio, durante i lavori di costruzione delle fondamenta della casa del sig. Personè. Si tratterebbe di cassettoni monolitici e di molteplici lastroni, probabile copertura, rotti e gettati come pietre informi. Gli scheletri andarono dispersi mentre tra gli oggetti rinvenuti il De Giorgi43 fa menzione di medaglie bizantine, anelli incisi (datati all’XI sec.), una fibula bronzea con decorazione .
 

In una lettera del 23 aprile 1910 conservata presso l’Archivio della Soprintendenza Archeologica (prot. n. 8113) si attesta, inoltre, che durante alcuni lavori di sbancamento eseguiti in Via Duca degli Abruzzi (presso l’edificio scolastico) si rinvennero vari oggetti di età medioevale.
Nel 1962 presso la Chiesa della Madonna del Carmine furono messe in luce 17 tombe medioevali.
Dal XVI al XVIII sec. si assiste alla profonda trasformazione edilizia della città con la costruzione di chiese e relativi monasteri .
Il Vetere44 cerca di delineare la suddivisione del tessuto urbano nei quattro quartieri medioevali perimetrandoli in base all’attuale struttura viaria, mancando planimetrie che possano riprodurre l’assetto viario dell’epoca altomedioevale.
Lo studioso cerca, così di ricostruire, se pur ipoteticamente, il quadro del tessuto viario dall’XI al XV sec. a. C.
Nel periodo rinascimentale Nardò continuò ad essere centro culturale molto rinomato con Università ed Accademie, tanto da essere definito Nova Atene litterarum; in epoca risorgimentale prese attiva parte ai moti rivoluzionari, si associò alla Giovine Italia.
La città attuale conserva rilevanti segni storico-artistici dei suoi trascorsi medioevali, rinascimentali e soprattutto barocchi.